CSVを取り込む際にmysql_real_escape_stringを使ってエスケープする処理を入れていたのだが、
処理の順番を変更した際に、なぜかWarningが出てくるようになってしまった。
何かと思って原因を調べてみたら、MySQLと接続していなかったのが原因だった。
確かに、よく考えてみたらmysqlとの接続を確立できてないのに、
phpからmysqlの関数呼ぶことなんてできないよなーと納得の回答。
mysql_real_escape_stringを使う前にmysql_connectするように修正したんですが、
いまいち綺麗に書けてる気がしない・・・。
もうちょっと考えてソースを書こう。